確定申告での、認定NPO法人等寄付金特別控除の流れを示します。
2025年の申告(2024年=令和6年の収支)例です。

国税庁 確定申告書等作成コーナー
https://www.keisan.nta.go.jp/kyoutu/ky/sm/top
上記は2025年10月に「確定申告」で検索して出てきたページです。

各年度で若干の違いがあると思いますが、参考になれば幸いです。

「支出に関する控除の入力」で、
「ふるさと納税などの寄付をした方」に進んで入力します。

「証明書内容を入力する」に進んで寄付内容を入力していきます。

寄付金の種類で、
「認定NPO法人等に対する寄付」を選択

寄付金の種類の詳細が出てくるので、ここは、
住所地の都道府県および市区町村で異なります。
対応する、両方もしくはいずれかの条例により指定した寄付金を選択。
不明でも良いかもしれません。

金額や寄付先の情報を入れてください。

入力を終了すると、以下のようにリストされます。

入力終了すると、

以下のような計算結果が表示されます。
—————-
入力された内容を基に計算した控除額は、以下のとおりです。
寄附金控除額
◯◯円
政党等寄附金等特別控除額
◯◯円
※所得税額（国税）が最も少なくなるように自動で判定しています。
—————-

提出書類に、「認定NPO法人等寄附金特別控除額の計算明細書」のページがあります。
これは、所得税に関してです。地方税に関しては別途計算になります。

ここから限度額を判断すると、
前提として、ふるさと納税と認定NPO法人寄付のみと考えます。

(1)の「認定NPO法人等寄付金の額」の限度額を計算します。
(2)の「(1)以外の寄付金の額)は、前提からふるさと納税の合計額です。
(4)の「所得金額の合計額」を元に、
(5)で、その(4)の4割を計算します。
(6)は、その(5)から(2)のふるさと納税を引いた額。
(7)で、(1)の認定NPOの寄付金額と(6)の所得金額の4割からふるさと納税を引いた額が比較されます。
　　つまり、ここ(7)が限度額の判断(その1)になります。
　　(1)「認定NPO法人の寄付金額」 (4)「所得金額」 * 40% – (2)「ふるさと納税額」

ちなみに、
(8)は、ふるさと納税額が2000円に満たない場合に、
(9)で、(7)から(8)のふるさと納税の2000円に満たない分を引いて、4割が控除額候補になります。

もう一つの限度額として、「所得税の額」から、
(10)の、「所得税の額」の、
(11)で、その(10)の25%から、
(12)で、「公益法人等寄付金特別控除額」を引いた額と、
(13)で、(9)の控除額候補と比較します。
　　ここが限度額(その2)になります。
　　(9)「控除額候補」 (10)「所得税の額」 * 25% – 公益社団法人等寄付金特別控除額

まとめると、
(7)で認定NPOの寄付金額が(所得金額の4割-ふるさと納税)を超えてなく、
(8)のふるさと納税が2000円を超していて、
(12)の公益社団法人等がなければ、<<前提はないとしています。

「認定NPO法人の寄付金額」の上限は、(4)「所得金額」 * 40% – (2)「ふるさと納税額」
「控除額」の上限は、(10)「所得税の額」 * 25%です。